شیر متشکل از انواع چربی و پروتئین می باشد. برخی از این مواد، جامد و املاح هستند، بقیه مایع اند. فرایند جداسازی مواد جامد شیر را از مواد مایع آن، ترش کردن شیر (بریدن شیر) می نامند. ماده سفید جامدی که بر جای می ماند، بعداً به پنیر تبدیل می شود. مایع سبز رنگ باقی مانده هم آب پنیر می باشد. انواع پنیر به میزان آب آنها بستگی دارد، آب پنیرهای نرم را می گیرند؛ اما آنها را فشرده نمی کنند و معمولاً این پنیرها را نمی توان برای مدت طولانی نگهداری نمود (دلیل این امر در قسمت علم غذا (فعالیت آب)، آمده است). آب پنیرهای نیمه سفت را کاملاً می گیرند و کمی فشرده شان می کنند. این پنیرها دوام بیشتری دارند. پنیرهای سفت را پس از گرفتن آبشان، کاملاً فشرده می کنند. این دسته از پنیرها را می توان تا مدت ها نگهداری نمود.

برای ترش کردن شیر به عاملی نیاز داریم. انواع متنوعی از این عوامل چه در گیاهان و چه در جانوران یافت می شوند. اما تنها چند تای آنها را معمولاً به کار می بریم. سرکه، یکی از رایج ترین عوامل برای ترش کردن شیر، مخصوصاً در تهیه پنیرهای نرم می باشد. 

آبلیمو هم ماده دیگری در تهیه ی انواع پنیرهای نرم است. جوهر لیمو، عامل قوی دیگری است که هنگام ترش کردن شیر، پنیر چسبناکی تولید می کند. البته در تهیه ی بیشتر پنیرهای نیمه سفت و سفت، از پنیرمایه استفاده می کنند. 
به طور معمول سه نوع پنیرمایه وجود دارد که یکی منشاء حیوانی و دو تای دیگر منشاء گیاهی دارند. مایه پنیر را از آنزیمی در دستگاه گوارش پستانداران به دست می آورند. اما اگر شما گیاه خوار باشید، دوست ندارید که حتی مایه پنیر شما، منشاء حیوانی داشته باشد. امروزه اغلب کارخانجات از مایه پنیرهای گیاهی استفاده می کنند. هرچند این مایه پنیرها دقیقاً گیاه نیستند؛ بلکه نوعی باکتری محسوب می شوند. باکتری نوع اول، طبیعی است. ولی باکتری نوع دوم را مهندسین ژنتیک ساخته اند که امروزه در تهیه ی بیشتر پنیرها به کار می رود. این باکتری، پنیر بادوام تر و سفت تری تولید نموده و استفاده از آن، مخصوصاً برای تهیه ی پنیر در خانه توصیه می شود. 
مراحل تهیه پنیر 
زمان هر یک از مراحل تهیه ی پنیر مشخص است و این مدت در پنیرهای مختلف فرق می کند. البته برخی مراحل، عیناً مثل هم هستند؛ بدون اینکه به نوع پنیر تولید شده ربطی داشته باشد. مرحله اول، پاستوریزه کردن است. دو نوع روش برای پاستوریزه کردن وجود دارد: 
شیر را در دمای 63 درجه سانتی گراد به مدت 30 دقیقه حرارت دهید و یا به مدت 15 ثانیه در دمای 72 درجه سانتی گراد حرارت دهید. در هر دو حالت، شیر را باید مرتب هم بزنید تا ته نگرفته و نسوزد. 
مرحله دوم، سرد کردن شیر است. این کار بسیار ساده است. کافی است ظرف محتوی شیر را روی آب سرد یا یخ قرار دهید. 
مرحله سوم، ترش کردن شیر می باشد. مایه پنیر را به شیر اضافه نموده و هم بزنید. 30 الی 60 دقیقه زمان لازم است تا پنیر آماده شود. اگر از عوامل دیگری غیر از مایه پنیر برای ترش کردن شیر استفاده می کنید، تنها 5 الی 15 دقیقه صبر کنید تا پنیر حاضر شود.

مرحله چهارم، پخت پنیر است (در انواعی که به پخت نیاز دارند). ماده جامد حاصل از ترش کردن شیر را به قطعات کوچک برش دهید. درجه حرارت و مدت زمان پخت در پنیرهای مختلف فرق دارد. هرچه مدت طولانی تری پنیر را حرارت دهید، پنیر بیشتر کش می آید؛ در عین حال باید به خاطر داشته باشید که حرارت خیلی زیاد، بافت پنیر را از بین برده و طعم مزه آن را هم خراب می کند. 
مرحله پنجم، گرفتن آب پنیر است که در قسمت بعد، به طور مفصل آمده است. 
مرحله ششم، در اغلب پنیرها نمک زدن به پنیر می باشد. در برخی انواع پنیر، فلفل و دیگر ادویه جات را در این مرحله اضافه می کنند.

مرحله هفتم، فشردن پنیر می باشد (در انواع نیمه سفت یا سفت). توضیح بیشتر این مرحله در قسمت بعد آمده است. مدت زمان فشردن پنیر، به نوع آن و به دست آمدن بافت دلخواه در پنیر بستگی دارد.
مرحله آخر، در آب نمک قرار دادن پنیر است. لازم به ذکر است پنیرهایی که در این مرحله داخل آب نمک قرار می گیرند، دیگر در مرحله ششم به آنها نمک نمی زنند. 
دسته دیگری از پنیرها وجود دارند که به پنیر پرورده معروفند. این نوع پنیرها، ورقه ای هستند که مهمترین مورد استفاده شان، در تهیه ی چیزبرگر می باشد. طرز تهیه این پنیرها همانند سایر انواع پنیر است؛ فقط به آنها نمک های محلول در چربی اضافه می کنند تا استحکام بیشتری داشته و موقع ورقه شدن، خرد نشوند.

پنیر پیتزا 
پنیر پیتزا نوع خاصی از پنیر است که در اثر حرارت، روی غذای مورد نظر به خصوص پیتزا آب می شود؛ در عین حال که حالت کشداری پیدا می کند. معمولاً روی انواع پیتزا از این پنیر می ریزند تا اجزای تشکیل دهنده پیتزا را به هم بچسباند و از ریختن مواد هنگام خوردن، جلوگیری نماید. بعضی ها این پنیر را با پنیر موزارلا اشتباه می گیرند. 
برای تهیه این پنیر، باید شیر ترش شده را با آب پنیر گرم مخلوط نمود، سپس مواد را با دست کشیده و ورز می دهند تا بافت ترد و لطیفی حاصل شود. در ایتالیا، بوجود آمدن حالت لاستیکی در پنیر کافی نیست و پنیر باید نرم تر باشد. معمولاً این پنیر را به شکل توپی یا گیس بافته در می آورند. 
*خواص تغذیه ای پنیر پیتزا تقریبا مانند بقیه پنیر ها میباشد.کلا در روز به مقدار 30 گرم (به اندازه یک قوطی کبریت)در روز پنیر باید بخوریم تا بخشی از پروتئین و کلسیم بدن ما را تامین کند.